Il y a longtemps de ça, la planète Zebes était occupée par le peuple Chozo, un peuple très avancé mais pacifique. Quelques humains vivaient également la bas, dont Samus Aran qui y vécue les premières années de vie. Mais un jour, les pirates de l’espace prirent par la force le contrôle de la planète pour y créer leur base d’opération. La plupart des habitants perdirent leur vie ce jour la, sauf quelques chanceux qui réussirent à s’enfuir. Samus fit partie de ces gens la, mais pas ces parents. Elle jura alors de se venger.
Aujourd’hui, les pirates de l’espace sont les maîtres incontestés de Zebes, mais tout ça pourrai bien changer un jour.

Crateria

Crateria est tout simplement la surface de Zebes et le tout début des souterrains. Le relief est très rocailleux mais possède un charme indéniable. Les rares créatures que l’on peut rencontrer sont bien souvent quasi inoffensives et ne s’occuperont même pas de vous.

Brinstar

Juste en dessous de Crateria se trouve brinstar, un gigantesque labyrinthe sûrement destiné à repousser les intrus éventuels. Les créatures que vous trouverez ici seront bien offensives et coriaces que sur Crateria, alors la prudence est de mise. Le seul moyen d’accéder à cette zone est une espèce d’ascenseur partant de Cateria. C’est également dans cette zone que vit le très dangereux Kraid, un des lieutenants de Mother Brain. Il est très dangereux et n’hésitera pas à vous tuer.

Norfair

Norfair est l’endroit le plus profond de la planète Zebes. Il est donc normal que se soit le plus chaud. Il n’est d’ailleurs pas rare d’y trouver de la lave en fusion et survivre longtemps dans cette zone n’est pas à la portée de tout le monde. Même Samus a besoin de son costume varia pour résister à la chaleur digne des enfers de Norfair. Les ennemis sont ici extrêmement coriaces et les tuer relèvera parfois du défi, le pire d’entre tous étant bien sur Ridley, qui se cache au plus profond de Norfair et dont la force n’est plus à démontrer. Il est d’ailleurs le principal responsable du massacre qui c’est déroulé sur Zebes quelques années auparavant.

Maridia

Juste à coté de brinstar existe une zone envahie par les sables appelée Maridia. Cet endroit possède de très grandes salles quasiment infranchissables à moins de posséder un grappin. Il paraîtrait même, que l'on peut y trouver des metroids, ou plutôt des mochtroids, forme dérivée du metroid. Maridia est gardée par Draygon, un autre lieutenant de Mother Brain. C’est d’ailleurs un des plus dangereux.

Chozodia

Tout près de Crateria se trouve des ruines Chozo appelés Chozodia. Si vous vouliez la preuve que le peuple Chozo a bien vécue sur cette planète en voici la preuve. Mais c’est également ici qu’est posé le vaisseau personnel de Mother Brain. Samus le visitera par deux fois. La première fois il sera bourré de pirates de l’espace et la deuxième fois il sera devenu un vaisseau fantôme gardé par l’abominable Phantoon.

Tourian

Bienvenue à Tourian, le repaire de Mother Brain, le leader des pirates de l’espace. En plus d’être votre dernière destination, c’est l’endroit ou l’on trouve le plus de metroids : il y en a partout !! C’est donc un endroit absolument horrible que seul quelqu’un de vraiment puissant est capable de traverser vivant et d’en revenir. Samus est d’ailleurs la seule à y avoir jamais mis les pieds. Au bout du chemin, vous tomberez nez à nez avec mother Brain elle-même, conservée dans une espèce de bocal. Mais attention, elle est capable de vous envoyer des tas de petits rayons et se sert de son œil pour lancer un laser destructeur. La deuxième fois que Samus la rencontre, elle se construit un immense corps mécanique, augmentant alors considérablement sa puissance.