Peu de temps après avoir débarrassé la planète Zebes de l’emprise des pirates de l’espace, Samus Aran s’était mise en tête de pourchasser les survivant qui parvinrent à s’enfuir. Ce jour la, sa cible était un vaisseau de recherche des pirates de l’espace, mais quand elle le rattrapa enfin, elle ne trouva qu’un vaisseau à la dérive. En arpentant ses couloirs, elle comprit vite que quelque chose avait mal tourné et qu’une étrange espèce de parasites était devenue incontrôlable, massacrant la plupart des pirates. Finalement, elle tomba sur la reine des parasites et la tua sans mal. Mais sa mort provoqua l’autodestruction du vaisseau et Samus du s’enfuir pour son salut. Ce qu’elle découvrit en tentant de s’enfuir lui coupa le souffle : Ridley, le plus puissant général de Mother Brain était encore vivant. Celui ci, après avoir causé quelques dégâts, parvint à s’enfuir, suivi de près par Samus. Malheureusement, Samus vit ses équipements tomber en panne les uns après les autres à cause d’une explosion dont elle réchappa in extremis.

Enfin dans son propre vaisseau, elle aperçu Ridley au loin et décida de le suivre pour finalement atteindre la planète Tallon IV, dont les terribles secrets n’attendent qu’elle pour être découverts.