Comme toute suite se doit de faire, metroïd fusion comporte quelques nouveautés par rapport aux autres jeux de la saga. Outre le fait que la qualitée graphique soit netement ameliorée, je dénombre trois grandes nouveautés.

Une nouvelle menace : les parasites X.

Un nouveau commandant : l'ordinateur de bord.

Deux nouveaux equipements : un costume et une arme.