En l'an 2000 de l'histoire du Cosmos, les représentants des différentes planètes de la Galaxie établirent une fédération galactique dans le but d'échanger la culture et la technologie des différentes civilisations. Plus de 1000 vaisseaux interstellaires furent créés pour circuler entre les planètes de manière à transporter technologie et culture et ainsi faciliter les échanges interstellaires. Mais des pirates de l'espace eurent tôt fait d'attaquer ces formidables engins pour prendre possession de leur cargaison.

La fédération galactique, pour parer ces attaques, créa-la "Galactic Federation Police" (la police de l'espace) mais les pirates étaient très puissants et la fédération eue du mal à en venir à bout. Heureusement ils finirent par déposer les armes. Tous pensaient que la paix allait régner à jamais dans la galaxie...

5 ans plus tard, en l'an 2005 de l'histoire du Cosmos, une chose terrible arriva: les pirates, plus puissants que jamais, attaquèrent une station spatiale de recherche et capturèrent un container dans lequel se trouvait une forme de vie: le Metroid. Le Metroid se multiplia encore et encore et les pirates utilisèrent sa force destructrice pour conquérir des planètes entières et semer le trouble dans la galaxie. La fédération eue tôt fait de trouver le repère de Mother Brain, le chef des pirates: la forteresse de la planète Zebes et ils envoyèrent donc des milliers de soldats la détruire. En vain.

La fédération adopta donc une autre stratégie: envoyer leur meilleur agent, Samus Aran, sur la planète Zebes pénétrer la forteresse et détruire Mother Brain ainsi que les Metroid. Ce sera sa première mission. Va t-elle réussir ? cela dépend de vous car maintenant c'est vous, joueurs, qui passez à l'action. Bonne chance!