Il existe trois costumes dans metroïd fusion, celui de base : le costume fusion, le costume varia et le costume de gravité. Chauqe costume permet des deplacements nouveaux et apporte une meilleure protection aux coups.

	Le costume fusion est le costume de basu alors que samus est habituellement jaune orangéee du jeu et n'offre rien en particulier. Sa seule particularitée est qu'il soit bleu.
	Le costume Varia. Il permet de resister aux temperatures extrèmes et vous rends plus resistants. Grace à lui, le SA-X ne peut plus vous glacer. Neanmoins, vous ne pouvez toujours pas resister à la lave.
	Le costume de gravité est le meilleur costume du jeu. Il vous procure tout d'abors une resistance à toute epreuve mais vous permet surtout de vous deplacer normalement dans l'eau. De plus, la lave ne vous fait plus aucun effet.